19世纪，扬子鳄出没在长江下游，湖北、安徽、江西和江苏境内，喜在丘陵溪壑和湖河的浅滩上挖洞筑穴，不过这种爬行动物却离不开水。它在陆地上动作笨拙迟缓，一旦到水里，却如鱼得水。而这种水陆两栖的特点，导致了扬子鳄的悲惨命运。扬子鳄筑穴的浅滩多被开垦为农田，丘陵植被被大量破坏，丘陵地带的蓄水能力大大降低，干旱和水涝频繁发生，使扬子鳄不得不离开其洞穴，四处寻找适宜的栖息地。这种迁移过程又为自然死亡和人为捕杀创造了机会。扬子鳄多年来遭到大量的捕杀，洞穴被人为破坏，蛋被捣坏或被掏走。而化肥农药的使用也大大减少了扬子鳄的主要食物——水生动物的数量。目前扬子鳄分布范围缩减到江西、安徽和浙江三省交界的狭小地区。

20世纪70年代开始了大量的保护工作。1979年在安徽宣城建立了扬子鳄繁殖研究中心，1980年建立了扬子鳄自然保护区。一系列的保护行动，使扬子鳄的数量有所上升。1983年的普查，发现野生扬子鳄数量仅有500条。1992年的普查发现，野生扬子鳄的数量增加到900条。扬子鳄繁殖研究中心更是取得突出成绩，近几年先后孵出幼鳄7000条。这是十分可喜的，人工繁殖的极大成功，为扬子鳄数量的恢复创造了条件。可是这样我们就能很容易地恢复其在野外的数量吗？其实不然。扬子鳄最适宜的栖息地是有大量河滩、食物丰富的广大河网区域，而在人口爆炸的今天，这样的水网已经微乎其微了，而且要再建立也十分困难。因此科学家遗憾地宣布，在短期内恢复野生扬子鳄数量的希望很小。